公元395年，罗马帝国分裂为东西两部分。西罗马帝国在北方蛮族的入侵下于公元476年崩溃，而东罗马帝国继续存在了一千多年。因东罗马帝国的首都君士坦丁堡（今伊斯坦布尔），是在古城拜占庭镇的旧址上扩建而成，东罗马帝国故称拜占庭帝国。

拜占庭帝国融合了希腊、罗马文化，其中在法律、外交和军事方面罗马的习惯占重要地位，在语言、文字和神学方面主要受希腊的影响。具有浓厚希腊文化传统的塞浦路斯，顺应了拜占庭帝国的文化氛围，受到帝国历代皇帝的特别关心和保护。公元326～327年，君士坦丁大帝的母后圣海伦巡幸塞浦路斯，在岛上兴建了许多基督教教堂，还将赴耶路撒冷朝圣时搜集到的圣十字架碎片（据认为是耶稣遇害的十字架）赐给这些教堂。

在拜占庭帝国统治时期，塞浦路斯不断受到崛起的阿拉伯人的袭扰。7世纪中叶，叙利亚总督穆阿维叶组织了对塞浦路斯的首次远征，拜占庭帝国援军赶到时阿拉伯人才撤离。在这次远征中，穆阿维叶总督副手的妻子、先知穆罕默德的亲戚乌姆·哈拉姆，从骡子上摔下丧命，并葬于此，随后在这里建起了清真寺，成为穆斯林的圣地。691～692年，为了躲避阿拉伯人的入侵和掠夺，拜占庭帝国皇帝查士丁尼二世在达达尼尔海峡附近，为塞浦路斯基督徒开辟了一个新的居住区，即新查士丁尼区，由约翰大主教管理。许多人在迁移过程中因船只失事和疾病而丧生，直到698年这些避难者才返回塞浦路斯。为了纪念这一流亡时期，塞浦路斯大主教至今仍冠有“新查士丁尼区兼全塞浦路斯大主教”的头衔。

阿拉伯人对塞浦路斯的入侵和劫掠，时间长达三个多世纪，给塞浦路斯造成严重破坏，而且以教堂等基督教建筑物受到的破坏最为严重，因此在被誉为考古博物馆的塞浦路斯，这个时期的教堂的遗址却很少。