根据1960年宪法，共和国的行政权由共和国总统和副总统予以保证，总统和副总统为保证行使行政权，设立由7名希腊族部长和3名土耳其族部长组成的部长会议。上述部长分别由总统和副总统指定，但以二人共同签署的文件任命。部长必须从众议院以外的具备众议院议员候选人资格的年满25岁的共和国公民中任命。部长会议拥有的行政权包括：对共和国政府总的指导与管理以及对总政策的指导；外交事务；国防与治安；所有公共服务机构的协调与监督；监督和处理属共和国的所有财产；审议由部长向众议院提出的法案；制定实施命令或条例；审议提交众议院的共和国预算。部长会议由总统召集。总统根据其本人的动议或根据副总统因特定事项适时提出的请求而召集部长会议。部长会议下设部长会议联合秘书处，其成员为一名希腊族人，一名土耳其族人。另外还设有一位政府发言人，属部长会议成员。

各部部长是该部的首脑，行使该部职权范围内的所有行政权。1960年宪法规定设立10个部。1967年通过法律，设立教育与文化部，处理1960年宪法所规定的希腊族民族院所负责的事务。目前的11个部分别是：

外交部：负责塞浦路斯共和国的海外利益。塞浦路斯在下列国家常设有大使馆或高级代办：澳大利亚、奥地利、比利时、保加利亚、中国、捷克、埃及、芬兰、法国、德国、希腊、匈牙利、印度、伊朗、爱尔兰、以色列、意大利、肯尼亚、利比亚、墨西哥、荷兰、葡萄牙、俄罗斯、西班牙、瑞典、南非、叙利亚、英国、美国、塞尔维亚等国。塞浦路斯外交部向欧洲理事会、欧盟、世界粮农组织、联合国教科文组织、国际海事组织、联合国维也纳办事处、联合国日内瓦办事处、联合国纽约总部等派驻代表。在纽约、汉堡、多伦多等城市设有领事馆。外交部下设8个司，其中之一负责海外的塞浦路斯人事务。

内政部：负责提供一般的行政服务。如城市规划和住房、国土和勘探、移民、户籍和动物保护区服务（Game and Fauna Services）、民防、地方政府、广播电视。同时监管新闻信息署的工作。

财政部：负责共和国财政的总体规划，编制财政预算案和对有关税收或同其他国家或团体的税务条约立法。财政部下设的部门有：国库、海关和消费税、国内税、统计和调查、储备、公共事务管理和人事局、政府出版局和数据处理服务。

国防部：职责是保卫共和国的领土免遭任何潜在侵略者的侵略。它负责组织和领导塞浦路斯军队和国民警卫队。

教育与文化部：负责教育管理，执行教育法律，向初等和中等及特殊教育的学生提供教育设施。教育部下属的机构有：高等和大专院校、中等和职业技术学校、小学、科研中心、文化服务和教育学院。

交通和工程部：负责协调交通和建设领域的活动。它由以下部门组成：公共工程（道路建设、公共建筑建设）、古迹、民航、商船、邮政服务、内陆运输及电子和机械服务。

工商业和旅游部：负责协调商贸活动，特别是出口贸易，促进工业和合作开发及矿产业的发展。它包括官方接待和注册部门。

农业及自然资源和环境部：负责处理所有促进农业部门发展的政府行为。它包括农业（包括畜牧业）、兽医服务、森林、水利发展、地质勘测、气象、农业调查、国土整治、渔业、矿业、农业保险和环境治理。

劳动和社会保障部：处理有关就业、职业培训、残疾人护理和康复、工伤事故和职业病的保护、改善工作条件和工作环境、工业关系、社会保险、社会福利服务以及与生产力的提高有关的所有政府行为。为提高劳动生产率，劳动和社会保障部下辖生产力促进中心、高等技术研究所、高级酒店研究所及残疾人康复中心。

司法和公共事务部：原司法部，1993年更改为现名，并将公共秩序、警察和消防部门转归该部。同时为了促进解决因塞浦路斯问题而引起的人道主义方面问题，将失踪者服务、人道主义事务服务、受害群体救济委员会从原司法部转交由总统负责。司法和公共事务部的职责包括：国际公约的法律改革和监测、研究和推广、同最高法院的协作、有关司法的通畅执法和法院的顺畅运行的立法和行政措施、对有关人权的研究和推广、对监狱的监管、对刑事政策特别是对待罪犯的法规的实施、研究犯罪学以形成并实施预防和打击犯罪的政策。此外还负责有关妇女权利和青年组织的国家机制的协调，负责国家档案和租金补贴基金的监管。

卫生部：负责协调为共和国公民提供医疗服务的公立和私立机构。下辖的部门有医疗和公共卫生服务、心理健康服务、牙科服务、药剂服务和普通实验室。