1999年，塞浦路斯的水产品产量为3679吨，总价值超过1377万欧元。塞水产品主要来自于本国沿海及国际水域的拖网捕鱼和水产养殖。1999年塞渔民首次使用了曳网捕鱼，提高了水产品产量。

渔业与海洋研究部的主要职责是保持海洋生物的生长，负责水产养殖业的发展和研究，以及保护和研究海洋环境。

为保护和开发渔业资源，政府制定了相关法律，为渔民提供资金和技术支持，鼓励投资。1996年渔业与海洋研究部提出了一个为期5年的水产养殖业贷款津贴计划。2000年，政府制定了水产养殖法。1999年塞浦路斯共有4个私人海上养鱼场，1个内陆养虾场和8个海上养虾场。1999年，可上市鱼的总产量达1422吨，价值约500万欧元。鱼苗产量为1.86亿尾，其中1.28亿尾出口，其价值约150万欧元。同时，在特罗多斯山地区还有5个养殖场。1999年，鳟鱼的产量也达到了66吨。

设立、改善和维护护渔区是渔业与海洋研究部的主要工作之一。1995年政府出台了《渔场管理和保护法》。目前，塞浦路斯共有13个护渔区，它们分别分布在帕拉利姆尼、阿基亚特里亚达、阿基亚纳帕、波塔莫斯、克西洛法古、德凯利亚、拉纳卡、利基、阿吉欧吉欧斯、拉特西、波莫斯和波基尔基斯。在帕福斯、利马索尔和拉纳卡的港口也都有渔船停泊。

渔业和海洋研究部也重视研究东地中海以及塞浦路斯周围海域的海洋环境，包括研究、检测和控制海洋污染，尤其是预防和治理石油污染；通过研究海洋物理学来掌握东地中海的水压特征；研究鱼类的动态数量和评定其种类；通过研究海洋生态学来探索深海有机物与其周围环境的关系；保护濒临灭绝的水生物及其栖息地，保护已处在危险中的海洋生态系统。

此外，农业研究会通过对农作物育种和蔬菜水果种植及家畜饲养的研究为农业提供服务。