塞浦路斯拥有完善的现代港口海运体系。拥有多用途的利马索尔港口和拉纳卡港口，在瓦西里科有工业货运港口，在拉纳卡、德凯利亚、莫尼和瓦西里科设有4个停泊油轮的专用港口。

利马索尔港口是塞对外贸易和海上交通的最重要港口，是利马索尔地区的航运中心。其港口的码头长达2040米，水深14米，拥有能起吊第四代船舶集装箱的起重机，同时提供轮船维修、集装箱维修、燃料补充、船泊用品等相关服务。利马索尔港口吞吐能力居欧洲第二，是欧洲第二大港口，年运送乘客百余万，已经成为东部地中海地区海上交通的枢纽。

拉纳卡港口的码头长666米，水深12米，是商贸专用港口。现在也重视发展休闲服务。

较小的港口如帕福斯港口、腊基（Latchi）港口、西基（Zygi）港口和利马索尔老港口，主要是游艇停泊港和渔船停泊处。

法马古斯塔港口、凯里尼亚港口、卡拉乌斯塔西港口和塞罗斯港口，在1974年土耳其入侵并占领后，塞浦路斯政府已经声明停止其船舶航行业务，并且禁止其进行进出口贸易。

塞浦路斯拥有100艘轮船服务于五大洲，每年有5000余艘注册总吨位达2100万吨位的轮船在塞浦路斯港口停泊。客运持续保持7%的高速增长。每年至少9个月的时间里，有约1000艘轮船往返于塞浦路斯与埃及、利比亚、叙利亚、以色列和希腊之间，提供货运和客运服务。与此同时，有170余艘邮政船为这一地区提供国际邮政服务。

塞浦路斯港口年货运量达760万吨，其中包括110万吨货物和24万吨集装箱，特别是集装箱码头发展迅猛。塞港口已经成为东地中海地区航运的中心。

1978年塞浦路斯成立了海运贸易部门，总部设在利马索尔。其基本目标是：发展海上贸易，改善注册船只的状况，提高海员的素质，按照现行国际标准改善船员的安全和生活条件。同时还鼓励更多的国民参与航运贸易，为此提供船员培训服务。海运贸易部门的基本职责是船只的注册、管理、国际管理的执行，以及调查船队的损伤，解决海运活动中出现的纠纷。

2000年年底，在塞浦路斯注册船只为2728艘，总排水量达2837.3万吨（见表4-6）。近年来基本保持稳定，2008年，在塞浦路斯注册船舶1869艘，总吨位为2162.6万吨。在塞注册船只的相关规定是，注册船只必须被确认属塞船只，也就是说该船只股份的50%以上应属塞公民，或根据塞浦路斯共和国法律所建立和注册的公司，或由塞控股的外国公司，或获得共和国部长会议特别批准，才能在塞正式注册。此外，在塞合法使用15年以上船只，也可以在塞注册。

表4-6 注册船舶数量和吨位^*

塞浦路斯船只登记注册的种类有临时、长期和平行注册。临时注册的船只使用期只有6个月，到期后还可以延长3个月。船主也可以把临时注册变更为长期注册，但必须在临时注册后的9个月内完成变更。塞浦路斯法律规定允许光船10065372（parallel）注册，而且按照国际惯例提供光船租入（parallel-in）和光船出租（parallel-out）两种形式。塞浦路斯光船注册与20多个国家的相关法律相一致。

塞浦路斯是连接亚欧非的交通枢纽，塞加入欧盟后又成为各国进入欧洲的东南门户，其重要性日益提高，这也对其港口建设提出了更高要求。目前塞浦路斯港口吞吐量不大，特别是中转货物量较少，土耳其禁止悬挂塞浦路斯共和国国旗的船只通过其海域是主要原因之一，但塞也存在港口基础设施薄弱、装卸效率低等原因。塞浦路斯已经计划在以下几方面采取措施：一是扩大集装箱堆场面积，将其建成区域货物运输集散中心；二是对利马索尔港口进行挖深至16米，可以停靠10万吨以上的大型船舶；三是在利马索尔修建一个现代化的客运码头，将旅客运送能力提高1.5倍。10065373这些项目的实施和完成将大大提升港口装卸能力。

土耳其族区拥有13艘商船的船队，总吨位为1.9万吨。