闽台特殊的地缘与血缘关系、相似的农业生产的自然条件、发展阶段性的差异、农业资源禀赋优势差异与配置效率差异，形成了两地农业合作的可能性。闽台农业产品结构和目标市场的相似性，造成了二者在水平分工格局下既有互补更有极强竞争的复杂关系，这就决定了深化闽台农业合作的基本方向：既要保持水平分工格局下的产品互补关系，又要培育垂直分工格局的要素互补关系。在农业国际化不断加强、跨国公司主导全球农业产业链的背景下，闽台农业要共同应对国际市场竞争压力，就必须根据闽台农业资源比较优势与配置效率差异，降低要素资源流动成本，促进闽台农业资源要素的流动，加快农业产业链分工、合作的形成，以实现闽台农业资源的优化配置。这是闽台农业合作的有效形式，也是一项双赢的选择。