农业产业链作为产业链环中相关主体利益冲突与合作的载体，采取何种制度安排和治理机制，以实现人、财、物、信息、技术等要素资源的有效配置，形成有效的激励和约束机制，是闽台农业产业链整合的重要内容。从组织链的角度，就是以台资核心企业为龙头，以农业产业链为纽带，以资源整合为手段，通过合适的组织方式和利益联结机制，加强关联主体之间的沟通与协调，建立有效的协同行为，从而实现资源优化配置和产业竞争力的提升。