农村合作基金会是中国农村金融体制改革深化的产物。尽管它存在的时间不长，但在运行过程中暴露出的严重问题，以及这些问题对农村经济，尤其是对农村企业和农户发展的影响，至今仍然可以在像四川这样农村合作基金会发展规模比较大，问题累积比较多的地区清晰可见。