农业生态经济系统是一个组成复杂、开放的系统，也是人类赖以生存的物质生产系统。但是，该系统呈现不良的运行状态，如空气污染、森林减少、沙漠化加剧、人口剧增、生物物种锐减、酸雨严重，这些因素已经制约了农业生态经济系统的产出。联合国两次“人类环境会议”足以说明当代环境的恶化已危及人类生存的严重性，面对这种危机，许多国家相继制定了自己的可持续发展战略，我国也把实施可持续发展作为今后15年经济社会发展的重大战略方针，并纳入我国的经济社会发展中长期计划。为了配合我国关于可持续发展的宏观战略的实施，本文将以分形理论作为指导，从农业生态经济系统的结构进行研究，探讨农业生态经济系统的运行机制、各子系统之间的组合功能、演替的内在机理和外部因素的系统机制，以实现农业生态经济系统的可持续发展，从而促使农业生态经济系统的生态效益、经济效益和社会效益的协同增长。