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在农业中运用遗传工程方法与高度差异性的预期目标有关。二十年来，研究和工业领域希望通过栽培转基因作物消除饥饿和贫穷，但是那些无需引入遗传工程的先进育种方法正发展出更有吸引力的替代方案。在2007年，关于成功繁育的报道比比皆是，其中包括能在哥伦比亚干旱贫瘠的土壤上生长的豆类，能够在孟加拉洪水威胁下的土地上生长的水稻以及适应印度干旱土壤的小麦。

经研究人员、行业机构以及监管当局鉴定，目前正在种植的转基因作物——能够抗除草剂和抗虫的大豆、玉米、油菜、棉花——对人类和环境造成的风险微不足道。批评人士指出，某些研究方法存在不恰当之处，从而研究结果中出现了负面的结论。

生物安全这一术语用于统称旨在避免或降低因释放和利用转基因生物给生物多样性和人类健康带来风险的全部措施，包括对这些风险的分析研究以及对它们的控制、管理和监测措施。

引入转基因生物可能造成影响重大的不良生态后果，特别是对发展中国家而言更是如此：人工基因在自然基因库的传播就是这样的例子。对于粮食作物起源与多样性中心地区而言这是个特殊问题，因为这些地区的物种和基因多样性对长期的粮食安全具有重要的潜在影响。另一个不利影响在于转基因生物对其他非靶标生物，如野生动物和益虫可能造成不良影响。

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生物技术和基因工程

生物技术是指为了达到特定目的，利用生物系统、生物有机体或其产品来生产、改变产品或工艺的所有技术应用。生物技术不但包含了如酿造啤酒和生产酸奶（发酵）等“经典”工艺，还包括微生物程序（如自然物质的合成）和旨在对生物的DNA作出特定改变的基因工程。议定书中解释的“现代生物技术”是指克服自然繁殖和重组障碍的技术应用，以及传统培育和选种中未曾使用的技术。协议书中指出的转基因生物又称“改性活生物体（living modified organisms）”，它是指“任何凭借现代生物技术引起遗传物质组合改变的生物。”“活生物体（living organisms）”则是指“任何可以转移和复制遗传物质的生物体”。

由于为转基因生物而投入的资金越来越多，很可能产生严重的社会经济和社会文化后果。转基因种子定价较高。为了避免进化出对植物有抗性的害虫系谱，利用抗虫植物需要具备专门的知识。所以，转基因生物的利用也可能带来经济风险，特别是对于贫穷农业地区的小农户。另外，乡村社会结构也可能遭受负面影响。存在这样一个风险，即转基因生物的利用和种子的商业获取将置妇女于极其不利的地位。在很多文化环境中，这两项活动都被视为男性的工作范畴。根据现有的国家法律和与专利拥有者订立的协议，由于转基因种子中包含了专利权，购买这类种子可能造成新的依赖性。另一个风险在于，通过利用转基因生物进行工业生产得到的产品会取代可可脂、香草香精等出口产品。