以何种思路指导中国的企业改革，对企业的发展方向起决定性作用。党的十二届三中全会“关于经济体制改革的决定”提出以所有权和经营权的分离（以下简称“两权分离”）指导全民所有制企业改革以来，中国的全民所有制企业改革大体上是在“两权分离”理论的指导下进行的。1988年8月1日起实施的《全民所有制工业企业法》仍以“两权分离”理论作为其“灵魂”。应当承认，城市改革的初期，以“放权让利”为特征的“两权分离”措施确实使企业在一定程度上有了经营自主权，增强了活力。但改革的深入也使人们逐步认识到“两权分离”的理论局限和实践弊端。“两权分离”理论的根本局限是它笼统地讲全民所有制企业的所有权归国家，回避了企业和国家之间的产权关系，这不仅难以说清承包、租赁经营的实质，更无法阐明企业兼并（产权转让）以及股份制等问题。“两权分离”实践的主要弊端是它难以划清所有权和经营权的界限，这不仅给政府干预企业经营活动留下了余地，也为企业经营不善时向政府推脱责任，为负盈不负亏提供了借口。为了解决这些问题，理论界一些同志提出了股份制、企业所有制、企业法人所有制等企业经营形式。对这些经营形式尽管在理论上还有这样那样的争议，但它们都突破了“两权分离”的框架，赋予企业不同程度的所有权。现在的问题是股份制、企业所有制、企业法人所有制等具体的企业经营形式并不能提供一条清晰的理论思路来取代（或者发展）“两权分离”理论思路。我认为，以法律所有权和职能所有权的分离（以下简称“两种所有权分离”）为基本理论思路来指导全民所有制企业的进一步改革，在理论上是可行的。本文拟就厂长身份、职工地位、自有资金、短期行为、产权转让以及企业破产等问题对“两权分离”理论和“两种所有权分离”理论加以较全面的比较，进一步说明以“两种所有权分离”理论指导全民所有制企业改革更有利于社会主义商品经济的发展。