按照“创新、产业化”的科技方针，顺应“新经济”发展形势的要求，重庆市及三峡库区科技工作的基本思路是：坚持加快体制创新与科技创新相结合，坚持改造提升传统产业与发展高新技术产业相结合，坚持把提高经济效益与环境保护和生态建设相结合，加快库区技术及资源优势向经济优势转化，立足当前、着眼长远、统筹规划、分步实施、突出特色、重点突破。实施“五个一”科技工程，即确立一个主体，推动企业真正成为技术创新的主体；发挥一个优势，充分发挥在渝高等院校、科研院所和大中型企业的科技资源优势；营造一个环境，努力形成扶持和激励创新创业、支撑和保障高新技术产业化、吸引优秀科技人才的良好政策环境；培育一批重大高新技术产业化项目，集中力量建成一批关系重庆市经济和社会发展全局的重大工程；构筑一个高地，最终把重庆三峡库区建成长江上游的高新技术产业基地和科技信息中心，推动三峡库区经济和社会可持续发展战略的实施。