一个安全高效、功能齐备、运行稳定的债券托管和资金清算体系，是债券市场建立和发展的基础，它不仅保证债券流动的安全，提高市场运行的效率，还肩负着防范一个国家债券市场风险、化解国际金融市场风险的重任。近年来，随着计算机技术水平和运行效率的日益提高，市场网络和信息系统建设的不断发展，使市场的债券结算和资金清算体系得到很大改善，为中国债券市场发展提供了较好的基础运行环境。

中国债券市场目前分为银行间债券市场、商业银行柜台债券市场和交易所债券市场三个市场。银行间债券市场已经发展为各类金融机构、非金融机构都可以参与交易的场外市场；交易所债券市场以部分非银行金融机构、个人等中小投资者参与交易为主，商业银行不能在交易所交易；商业银行柜台债券市场主要是面向个人交易。国债发行承销团有两个，分别是银行间债券市场国债承销团和交易所债券市场国债承销团，已发行的大量国债被分别指定在场外市场和交易所流通，少量在柜台债券市场上市。从交易方式上看，场外市场是以报价驱动的、一对一询价的形式达成交易；交易所则实行集中报价，电脑按时间和价格优先排序撮合成交的形式；商业银行柜台债券市场实行银行在柜台向投资人提供报价。各市场的不同之处，使各自的资金清算和债券交割也呈现不同特点。