额济纳旗位于内蒙古自治区最西端，东南与阿拉善右旗相连，西南与甘肃省毗邻，北与蒙古国接壤，边境线长507公里，总面积11.46万平方公里，约占全区总面积的十分之一。全旗辖1个镇、6个苏木、1个国营农场。生活着蒙、汉、回、藏等9个民族1.6万余人。是以蒙古族为主体的边境多民族聚居旗。著名的东风航天城、内蒙古第三大陆路常年开放口岸——策克口岸位于旗境内。

发源于祁连山麓的季节性河流黑河纵贯全境，自狼心山分为东西两条河，最后分别注入东、西居延海。境内有胡杨、沙枣、柽柳、梭梭等天然生乔灌林500多万亩，被世人称作居延绿洲。