20世纪90年代后，福建烟草企业的发展从数量规模型转变为依靠科技进步的品牌、结构效益型，以提高产品质量为中心，加强重大项目的研究开发，开展科技攻关、技术创新活动，行业综合科技水平及科技贡献率得到提高。在烟草农业方面，建立了省烟草农业科学研究所（以下简称省烟科所）和龙岩、三明、南平三个分所，在品种选育、土壤改良、栽培技术、平衡施肥、病虫害防治、烘烤等方面的科研工作均取得成绩。为加快现代烟草农业建设步伐，促进福建烟叶生产整体水平和烟叶质量的提高，推广应用一大批先进实用技术，烟草农业技术整体水平位居全国前列。在卷烟工业方面，加大科研资金投入，瞄准国内、国外先进水平，加快技改步伐，以龙岩、厦门卷烟厂两家龙头企业为依托，以提高产品质量为中心，突出重点，打造特色工艺，提高产品市场适应能力。开展基础研究与应用研究，改进卷烟制丝工艺，改革卷烟配方，调整产品结构，应用先进技术，提高卷烟产品的开发研制水平，发挥技术创新对提升品牌核心竞争力的推进作用，使卷烟产品的质量得到提高，产品结构提升，低焦油卷烟、混合型卷烟开发也取得一定成效。在科技推广和学术交流方面，依托社团组织，围绕行业生产、经营任务和烟草科技的前沿课题，开展学术交流、专题调查、科普教育等活动，并将学术活动同科学论证、决策咨询、政策建议结合起来，开展前瞻性的战略研究，提出操作性和针对性较强的决策建议，帮助企业排除发展障碍，为企业经济发展提供力量支撑。