1996—2005年，福建省各级审计机关贯彻审计署提出的“全面审计、突出重点”和“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”的审计工作方针，不断深化审计内容，拓宽审计领域，改进审计方法，全面履行审计监督职责，共审计45518个单位，查出违规行为金额670.87亿元，上缴财政金额46.45亿元，移送司法、纪检部门处理的案件线索882件。全省审计机关坚持向党委、政府报送审计信息，为党政领导决策提供参考依据。