普天间基地搬迁问题的交涉，始于1996年。日美双方围绕着普天间基地搬迁选址的问题，进行了反复的磋商和协调，但均未能达成一致意见。1997年双方确定将名护市边野古海岸确定为基地新址，但是由于双方对施工方案存在分歧，直到2002年才确定了基本工程计划。到2006年，经过十年时间的不断研究，日美双方达成协议，即在维持冲绳基地威慑力、尽量减轻基地负担的基础上，将部分美国冲绳海军陆战队转移出冲绳，将普天间机场转移到名护市的边野古海岸。搬迁计划将于2014年全部完成。搬迁计划将结合美国驻日基地的功能和美国全球战略的多元视角，促进冲绳基地的重新规划和布局。然而，普天间基地搬迁问题，随着民主党的政权更替陷入了更加复杂的境地，美国、日本、冲绳县民三方业已存在的矛盾和日趋复杂的紧张关系，使冲绳基地问题趋于复杂化。基地问题逐渐上升到日美同盟核心价值的问题，它不再是孤立的，而是与日美同盟目标、环境、价值变迁相联系的复杂问题。民主党政府冲绳基地问题的解决方案，原本作为凝聚民心的旗帜，却最终成为烫手的山芋。