巴彦淖尔是我国三大灌区之一的河套灌区的主要区域，拥有发达的灌溉文明。河套灌区是黄河中游的特大型灌区，是亚洲最大一首制自流引水灌区，是我国设计灌溉面积最大的灌区，也是国家和内蒙古自治区重要的商品粮、油生产基地。2003年，水利部确定内蒙古自治区为全国第一个黄河干流水权转让试点，开展盟市内水权转让工作。2014年，水利部再次确定内蒙古自治区为国家级水权试点地区，重点探索推进跨盟市水权转让试点工作，巴彦淖尔市率先开展灌区水权综合改革，推进跨盟市水权转让，将1.2亿m³水权指标分配给鄂尔多斯市，在我国水权制度建设史上描下了浓重一笔。