村庄整治对农村传统治理方式提出了挑战。村庄合并后，几千年的村落文化、农耕文明、家族宗族关系在农村治理中的作用将会弱化乃至消失。改革开放以来逐渐形成的包括村委会、村民代表会议、党支部、村民小组、村务公开、村民理财小组、村民议事会等正式和非正式制度安排，也面临着被取代的风险。