加拿大与美国在通力合作之时，也存在一些较为突出的矛盾，如加拿大军事代表团问题、军队指挥权问题、美国驻军对加拿大主权的侵蚀和破坏等，这些矛盾在战争年代似乎不那么突出，但它对两国关系的影响是长期的。