本文基于合意产出与非合意产出的DEA-Malmquist模型，将农业碳排放纳入农业经济核算体系，对2001～2012年中国31个省（自治市、直辖区）碳排放约束下的农业生产率（TFP）进行了测度并分解。研究结果表明：①2001年以来我国碳排放约束下的农业经历了略显偏慢的生产率增长，年均增长1.61%；TFP累计指数则经历了一个“平稳—上升”的循环变化轨迹；前沿技术进步在促进TFP提升方面作用更为明显。②北京TFP指数均值最高为1.1241，海南最低仅为0.9257；从区域分布来看，TFP均值较高的省份主要分布于华北、华东和华南地区，而较低的省份则主要集中在东北、西南和西北地区。③现阶段忽视碳排放因素会高估我国农业的TFP增长；分区域来看，上海等6地农业生产相对低碳环保，北京等9地农业生产相对高碳，余下16个地区TFP增长不受碳排放因素制约。