大湄公河次区域是中国与日本在对东盟关系中主要的利益交集地区。五国中除泰国外的四国为东盟后加盟成员，经济发展水平相对滞后，但该地区能源、资源丰富，人口众多，市场潜力巨大。日本与湄公河流域五国的合作已机制化，对该地区的投入也呈现逐年递增的态势。在中国“一带一路”构想中，该地区处于“21世纪海上丝绸之路”前沿和重要枢纽位置。针对中国加强与东盟特别是与大湄公河次区域经济合作带来的挑战，日本也相应做出政策调整。围绕大湄公河次区域的开发与合作，中日两国的竞争与协调将成为常态。