福建省公安机关包括三个部分：政府行政公安机关［指省厅、地（市）公安处（局）、县（市、区）公安局（分局）等地方三级公安机关］；公安现役部队（包括公安边防、消防和警卫系统）；各专业系统的公安机关（包括机场公安局、铁路公安处、森林公安局、交通公安局和海关缉私局）。大中型企事业单位的公安机构在世纪之交进行体制改革时，少部分保留、转制并列入地方公安建制序列，大部分予以撤销。

省厅的机构设置，经过两次较大的改革调整，一次是1996年福建省党政机构改革，实行“三定”（定职能、定机构、定编制），确定厅机关内设机构；一次是2000年，根据《福建省厅职能配置、内设机构和人员编制规定》，核定厅机关内设机构。各地市公安处（局）及其下属的县（市、区）公安局（分局）的机构设置，亦随之调整，都随着形势的发展及行政区划的变动而更改。

公安现役部队和专业公安机关的机构设置，主要是随着改革开放的深入和海峡西岸经济区的建设，调整、增编、新建。