建设第三亚欧大陆桥面临的困难和问题主要有：大陆桥建设涉及国家多、区域广，国际协调难度大；在基础设施建设和相关政策、服务方面的协调存在难度；第三亚欧大陆桥运营效益不仅受到传统海运的竞争和影响，而且面临国际物流市场的激烈竞争；缅、孟间尚未签订《泛亚铁路网政府间协议》，将在一定程度上影响亚欧大陆桥的建设；第三亚欧大陆桥建设工程浩大，面临较大的融资困难；该工程穿越多个国际战略敏感区，有可能受到地缘政治和大国博弈的牵制和影响。以构建沿桥国家共同利益、实现互利共赢为基本出发点，在全面系统调研、综合考虑各种复杂因素的基础上，制定出一个能为相关国家所接受的切实可行的方案，是目前该项目启动应完成的首要任务。