以深圳为代表的中国经济特区，是从计划体制到市场经济制度转变过程中的一个制度试验区域，其根本的独特性在于发展过程中拥有领先于内地实施市场经济体制的占先优势，其存在的依据在于中国传统经济体制与市场经济体制的制度差别和对市场经济制度财富创造效率的充分认同，制度转换产生的制度替代效应是深圳等中国经济特区获得发展的根本原因。当由于全国性的改革与开放的制度建设使得整体经济制度与市场经济制度越来越接近时，或者对整体实施市场经济制度的风险评估减小时，中国经济特区存在的合理性也随之减小，进而，其发展的根本动力就可能发生改变。未来中国经济特区的发展，在三个已经出现的挑战面前，肩负两个重要的历史性任务。

第一，探索如何完善社会主义市场经济目标体制。

跳出以经济论经济的政策思路，加快体制改革，尽早建立适应特区发展和市场经济体制要求的高效灵活的行政管理体制。中国的经济特区制定政策的出发点往往拘泥于经济方面，对管理体制的构建则重视不够。应该看到政治与经济的不可分关系，作为上层建筑的管理体制必须适应并服务于经济的发展。经济特区不仅需要特殊经济政策的支持，也需要实行高效灵活的行政管理方式，二者缺一不可。中国经济特区自建立以来，经济上无疑取得了引人注目的成就，然其行政管理体制远未跳出旧的巢臼，这在一定程度上已制约着特区的进一步发展。随着特区面积的扩大，市与特区机构合二为一，内地原有的体制弊端顺理成章地移入了特区，现在各特区行政管理机构比较庞大，各部门协调不一，办事效率较低，政府职能的转变仍未切实到位，行政对经济活动不必要的干预仍然较多；从外部环境看，条条块块对特区不恰当的干预还不绝如缕，等等。这一切严重影响了特殊政策的有效贯彻和执行，因此要抓住机遇，大力推进体制改革，规范政府行为，提高政府效率，构建符合市场经济体制的政府管理体系，使它既符合中国宪法、法律和行政规章的基本原则，又能按最开放的国际惯例高效运转，保证特区经济持续、快速、健康发展，并全面转变为外向型经济。

第二，探索由增长到发展的模式转换路径。

中国设立经济特区之初，其管理的窗口，技术的窗口到今天依然存在。在建设经济特区之初，是想引进国外先进的管理经验和先进的技术，但是，由于特区与当时世界各发达国家的比较优势是劳动力的优势，所以，当初的引进高新技术的设想有很大部分责任便落到了今天经济特区的头上。过去经济特区的工业主要是“三来一补”为主的低层次合作，经过近20多年的发展，虽然这种劳动力比较优势依然存在，但是与其他发达国家相比，无疑这种优势的差距在缩小，相反，这种优势已变成了经济特区与中国内地之间的优势，因此，以“三来一补”为主要类型的特区工业不得不再次经历阵痛，这是经济规律使然。在劳动密集型工业的历史使命即将完成之际，对于特区的产业结构的指导，无疑是经济特区未来生命力的体现之一，要推进结构调整与技术创新，以产业竞争优势来推动特区经济发展，并发挥产业示范效应。在产业上，经济特区应根据自身特点，研究和确定在入世后全方位开放与全球化竞争环境下的新角色与新定位，在经济全球化不断深化发展和知识经济初露端倪的时代条件下，经济特区在走高科技，高附加值道路上理所当然开创了新的发展道路，从中国历史上一二三产业结构比重趋向于在第二产业有长足发展的基础上，向高附加值、服务型产业迈进，力求实现健康合理的三二一产业结构的比重。在技术上，技术进步与创新一方面应该在入世后更加开放的环境中继续不断吸收国外先进技术成果；另一方面是要开发具有自主知识产权的新技术，以不断提高城市及其产业的核心竞争力，从而在国际竞争中处于有利地位，使幼稚的高新技术产业迅速成长为经济特区产业结构中的主导产业和支柱产业，强经济与技术的结合，使传统产业逐步转移，高新技术迅速崛起，不断产生新的经济亮点，推动经济建设由数量型资源消耗型的粗放经营方式向质量型、效益型、集约化经营转变，走技术先进和内涵式的发展道路，不断推进产业结构的升级换代，实现新型工业化方向，发展三高农业，加大对传统产业的技改力度，积极推进高新技术产业和信息产业、生物技术产业的发展。

完成上述两大任务，中国经济特区的发展需要克服以下几个挑战。