胡锦涛总书记在纪念《告台湾同胞书》发表30周年的重要讲话中强调，要在有利于两岸经济共同发展、两岸同胞福祉增进的前提下，探索建立具有两岸特色的经济合作机制。《国务院关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》提出，“进一步探索在福建沿海有条件的岛屿设立两岸合作的海关特殊监管区域，实施更加优惠的政策”。这是中央支持福建省加快建设两岸人民交流合作先行先试区域的一项重大举措，为海峡西岸经济区率先探索建立两岸特色经济合作机制新模式提供了政策支撑。

两岸特色经济合作机制的创建需要一个探索的过程。福建沿海岛屿众多，选择其中条件适宜的岛屿，率先设立以两岸合作的海关特殊监管区为核心的两岸经济合作机制试点区域，先行先试，构建和推行闽台两地更加灵活的区域合作机制，以点成链，以链带面，带动两岸合作交流全面开展，有利于为建立具有两岸特色的经济合作机制积累经验，探索途径，示范先导；有利于搭建连接两岸及国际国内两个市场的桥梁；有利于建设服务周边地区的对外开放综合通道；有利于加强海峡西岸经济区与台湾地区经济的全面对接，提升海峡两岸在全球经济中的整体竞争力。