香港、澳门特别行政区已相继成立，并在“一国两制”和基本法规范的框架下良好运作和稳健发展。“一国两制”的构想举世瞩目，基本法的制定，特别是其所设计的政治体制更是宪政制度史上的创新。作为一种新型的制度模式，在其实施过程中肯定会遇到一些新的问题，这就需要我们不断地探索。本文针对目前实践中出现的与特别行政区政治体制有关的问题或争论，尝试以历史和比较的方法，通过对基本法所设计的特别行政区政治体制的分析，以及该体制与港澳原有的总督制、中国内地的人民代表大会制、实行三权分立的内阁制、总统制、半总统制和委员会制等的比较，对有关问题进行探讨。

需要说明的是，尽管《香港特别行政区基本法》（以下简称“香港基本法”）和《澳门特别行政区基本法》（以下简称“澳门基本法”）的具体规定不完全相同，但它们所设计的政治体制模式几乎是一样的，所以本文将港澳基本法规定的政治体制一并论述，并将政治体制主要集中在行政长官、行政机关、立法机关和司法机关的组织形式及相互之间的关系方面。