通过自然保护区生态补偿机制改革解决自然保护区建设中生态利益与经济利益失衡，面临着许多亟须解决的理论问题。文章对自然保护区生态补偿机制的定义、生态补偿机制中的产权问题、产权机制界定不清下的生态补偿机制问题进行了理论分析，并针对自然保护区生态补偿机制改革提出了建立并完善正向激励机制和负向惩罚机制的主要思路。