作为全国唯一的整县域农村确权赋权改革推进试点县市，温岭市的股份合作制改革试点实践成为浙江省农村股份合作制改革试点推进的缩影。伴随农村股份合作制改革的深入推进，出现了不少法律及政策难题，有待及时跟进处理。在实践中，股权争议已经成为农村股份合作制改革政策落地和基层社会治理的焦点问题，股权流转、村班子和股份合作制改革后企业经营决策层的关系不清等障碍，成为制约后续改革的难题。本文认为，为解决当前农村股份合作制改革中的难点问题，应从立法、行政及司法三个层面予以补正完善，以期取得实效。