与欧美国家相比，拉美地区的社会科学研究起步较晚。到20世纪30年代，在拉美少数几个城市，社会科学研究工作才进入制度化进程。20世纪50～60年代，社会科学在拉美地区得到了很大发展，一批重要的研究成果相继问世。但是，拉美学术界内部的联系相对薄弱，需要建立一个具有协调性质的机构。它不仅能够起到巩固和推动社会科学研究的作用，并创造条件使其更好地为全面理解拉美的历史和社会问题服务，还要在促进拉美地区文化、科学和学术研究领域的一体化以及国际交流方面有所作为。

在这种情况下，美国的社会科学工作者率先提出应该建立一个机构，将拉美地区的学者组织起来，对学术活动加以有效的协调。1961～1965年，美国社会科学研究理事会所属的拉丁美洲研究联合委员会和美国学术机构理事会在斯坦福、圣地亚哥和里约热内卢召开了4次会议，对拉美社会科学研究现状和前景，以及美国的拉美研究进行了全面总结。会议的组织者提出了在拉美地区建立一个类似于美国社会科学理事会的地区性社会科学理事会或联合会的设想。这一倡议立刻得到了拉美地区社会科学工作者的积极响应。他们认为，这样一个机构的成立，符合拉美社会科学发展进程的需要和特点，因为当时只有一部分拉美国家建立了社会科学研究协会，涉及的学科也十分有限。

1964年，托尔夸托·迪特加（Torcuato di Tella）学院与国际社会科学理事会和联合国教科文组织共同举办了以“比较社会学”为主题的研讨会。与会者通过一项决议，希望托尔夸托·迪特加学院能够组织力量，成立一个拉美社会科学研究的常设性协调机构。为此，托尔夸托·迪特加学院对拉美地区已有的各类研究机构的历史和现状进行了分析总结，并结合实地考察，于1966年提出了对新机构的初步设想。

1966年10月，第1届拉美社会科学研究中心和机构领导人会议在委内瑞拉中央大学举行，会上成立了组织委员会，对新机构的性质和作用达成了共识。1967年10月14日，第2届拉美社会科学研究中心和机构领导人会议在哥伦比亚的安第斯大学召开，宣布正式成立拉丁美洲社会科学理事会。会议通过了理事会章程，选出了第1届领导委员会，并推选阿尔多·费雷尔（Aldo Ferrer）为第一任执行秘书。

拉美社科理事会在成立后的几年时间里迅速发展，会员由最初的30多个增加到100多个。一批专门性的委员会和工作小组陆续成立，研究生培养、研究资助和国际合作等各项计划也顺利开展起来。

1973年，智利发生军事政变，给拉美社会科学的发展造成了巨大的消极影响。因为自联合国拉丁美洲和加勒比经济委员会在智利成立后，这里不仅集中了一大批在拉美地区极具重要性和影响力的学术研究机构和大学，而且还吸引了众多知名学者和拉美各国的留学生。政变发生后，军政府采取了学术压制政策，一大批研究中心被迫关闭，专业被取消，相当一部分学者和教授被解雇或遭驱逐。

面对这样的困境，拉美社科理事会迅速担负起新的职责，即捍卫受到政治迫害的学者的权利。在1973年和1974年的代表大会上，理事会制定了“团结和保护受迫害社会科学工作者计划”。执行秘书处组织成立了一个工作小组，先后将1200多名在智利政变中受到牵连的专家学者安置到拉美其他国家、欧洲、美国和加拿大。同时，继续开展研究资助，通过多方筹集资金，支持研究小组的活动和研究生的教学工作，使那些失去机构背景的研究者能够继续进行研究工作。在这个过程中，拉美社科理事会建立起应对突发政治事件的能力。此后，拉美国家又相继发生了几次政变，理事会在保护社会科学工作者免受影响方面继续发挥着重要作用。

经过40多年的发展，拉美社科理事会已在拉美地区建立起庞大的社会科学研究网络，成为该地区最重要的学术协调和组织机构。