1957年，在联合国教科文组织的倡议下，拉美社会科学学院在智利首都圣地亚哥成立。主要任务是通过开展本地区社会科学领域的教学和研究工作，培养高级教师和科研人员。这个时期正是拉美社会科学发展和进步的重要阶段，拉美社会科学学院的成立对此起到了进一步的推动作用。当时它的工作重点是培养社会学和政治学两个学科的研究生。

1973年9月智利发生军事政变后，拉美社会科学学院的工作被迫中断。1974年，联合国教科文组织提议对学院的组织结构进行调整，实行分散化，以确保其持续、正常的运转。1975年，在厄瓜多尔首都基多举行的学院代表大会通过了上述提议，决定在会员国分别建立下属学术机构，通过它们各自的学术计划推动学术活动的开展。1979年，学院确定哥斯达黎加为秘书处所在地。此后，拉美社会科学学院陆续在阿根廷、巴西、智利、哥斯达黎加、厄瓜多尔、危地马拉、墨西哥、萨尔瓦多、多米尼加、古巴、巴拉圭和乌拉圭12个国家建立了分支机构，前7个为分院，后5个称为“学术计划”或“学术项目”。