墨西哥、委内瑞拉和哥伦比亚曾是20世纪80年代进行中美洲和平斡旋的孔塔多拉集团的3个成员国。1989年2月28日，在中美洲国家、欧共体成员国与孔塔多拉集团召开的第5次部长级会议期间，墨、委、哥三国决定将进行自由贸易谈判。同年3月，三国制定了行动计划，以实现三国间经济和政治一体化，进一步促进拉美和加勒比地区的合作。

1989年7月11日，为支持中美洲和平发展，积极推进拉美一体化进程，三国正式决定成立三国集团。新集团制定了共同行动纲领，以推动中美洲国家通过和平途径解决该地区面临的危机，敦促中美洲国家政府克服障碍，召开预定的首脑会议。三国之间还签订一系列经济、贸易、金融、能源及科技等方面的合作协定。该集团的成立，表明“孔塔多拉集团”的使命已经结束，墨西哥、委内瑞拉和哥伦比亚三国的合作进入新的时期。

20世纪90年代，随着拉美地区经济一体化的迅速发展，墨、委、哥三国决定在原有的基础上筹建三国集团自由贸易区。1990年，三国总统在纽约宣布建立三国集团，决定采取措施深化三国自由贸易。1991年初，三国总统在墨西哥会晤，并签署了《瓜达拉哈拉协定》，决定进一步加强相互间的合作，对中美洲和加勒比地区实行共同的政策。同年4月，三国外长在波哥大签署了以能源开发为中心内容的《经济互补协定》。同年7月，三国达成废除贸易限制的协定。1992年1月30日，哥伦比亚和委内瑞拉首先签署了自由贸易协定，从而为三国集团自由贸易区的建立奠定了基础。同年8月，墨西哥提出愿与哥伦比亚和委内瑞拉签署一项类似《北美自由贸易协定》的条约。这一提议得到哥、委两国的响应。此后，三国政府就有关协定的内容开始谈判。1993年2月，三国总统举行特别会议，签署了包括经济、科技、社会发展和文化教育等内容在内的《加拉加斯协议》，拟定从1994年1月1日起建立三国自由贸易区。为此，1993年三方进行了8轮谈判，1994年1～4月又进行了4轮谈判，最后达成协议，于1994年6月13日在哥伦比亚的卡塔赫纳签署了包括自由贸易、市场准入、产品产地、技术标准和劳务贸易等内容在内的自由贸易协定，即《三国集团自由贸易协定》。该协定经三国议会批准后，于1995年1月1日正式生效。三国集团总部设于墨西哥城。