2016年5月20日台湾地区实现第三次政党轮替，主张“台独”的民进党时隔8年再度上台执政，给日台关系发展带来了新的变化。在台湾民进党当局“亲美、联日、拒中”的战略布局下，日台海洋互动日益频繁。从钓鱼岛“主权”争端问题到“冲之鸟”周边海域渔权问题，从南海问题到筹建日台海洋事务合作对话机制，民进党当局频频对日本献媚，在海洋问题上步步妥协退让，换取日本对其“渐进式台独”的支持，抗拒中国大陆。虽然日台关系受制于中日关系大局的基本面难逆，但日台在海洋领域不断加强勾连将给中日关系及台海问题、东海问题、南海问题等带来某些负面影响。

2016年5月20日に台湾で第三回の政党交代を起こし、独立を主張している民進党は八年ぶりに再び与党になり政権を担当することとなった。それは日台関係にも新たな変化をもたらした。民進党は「親米·媚日、拒中」の戦略のもと、日本との海洋交流を日増しに活発に行っている。釣魚島の主権問題から沖ノ島海域の漁業権問題まで、南海問題から日台海洋事務協力交流システム作りまで、民進党当局は「漸進式台湾独立政策」に対する日本の支持を取り付いて中国大陸に対抗するために、海洋問題において再三譲歩して日本に媚びている。中日関係の大局の制約によって日台関係の基礎は変わりにくいが、しかし日本と台湾は海洋領域問題で内通を強化し続けると、台湾問題や東海問題や南海問題などにもマイナス影響をもたらしかねない。