自上海自贸试验区设立以来，以海关为主的贸易管制执法机构积极推进跨部门合作，取得了比较明显的进展，但也存在一些问题，例如运作的协调性有待改进；推进的能动性尚需提升；业务的全面性有待增强；标准的统一性尚需健全；手段的信息化尚需完善；制度的前瞻性有待拓展。这些问题的核心可归结为动力不足和能力不足，因此建议以组织变革理论和力学分析法为视角，探索从动力增强、阻力消减以及能力提升三方面采取对策，深入推进上海自贸试验区贸易管制执法的跨部门合作。