船舶吨税是海关对于进出一国关境的船舶征收的税收。现代船舶吨税制的实质是以船舶吨为基础的公司税，世界上主要的航运国家都已实行现代船舶吨税制。我国目前的船舶吨税制给航运企业的发展造成了一定的阻碍。在我国推行现代船舶吨税制，对推进我国贸易和航运发展具有积极意义，海关应作为一个有建设性话语权的执行者，协同税务机关形成完善的航运税收体系，提高执法效能。