货币政策区域非对称性效应的存在无疑加大了我国统一货币政策实施的难度。而我国目前货币政策制定和执行的过程还没有对区域差异给予充分的关注。问题的复杂性还在于，造成货币政策出现区域非对称性效应的一些因素在短期内是难以消除的，而另一些因素甚至永远无法消除。也就是说，货币政策区域非对称性效应可能长期存在。如何治理货币政策区域非对称性效应是一个复杂而困难的问题。本文认为应该从货币政策区域非对称性效应的形成机制入手，对症下药，综合治理：第一，根据统筹区域协调发展的总体要求，促进区域经济和金融协调发展；第二，深化货币政策决策机制和中国人民银行大区分行制度改革，提高大区分行在货币政策制定和执行过程中的地位和作用；第三，在保持货币政策统一性的前提下，实施部分货币政策工具在一定范围内的区域差别化操作。