在国家《生态补偿条例》的制定上，发改委也面临着挑战，这些挑战有：第一，完善和加强环境管理方面的规章制度框架（或者至少在行政和管理方面不出现新的冲突）；第二，保持政策的灵活性和预见性，如有可能，可影响中国整个环境管理机制改革，特别是在流域管理方面。针对这些挑战，本知识产品对《生态补偿条例》中水资源方面的设计提出了三点建议。