随着区域经济的高速增长和城市化进程的加快，流域跨区水污染事件时有发生，省际、地区间水事纠纷接连不断，严重影响了流域下游地区人民的生产和生活以及区域经济社会协调发展。另一方面，流域上游为了保护水质而丧失了发展的机会。为了保证流域上下游间的和谐发展，迫切需要加快建立全国流域跨界水质目标生态补偿机制。本文分析了建立基于跨界断面水质的流域生态补偿机制紧迫性，解析了目前地方开展的流域跨界断面水质生态补偿实践，提出了我国基于跨界断面水质的流域生态补偿机制安排，并给出了行动建议，以期有效指导地方实践。