自由港（全称就是“贸易自由港”）作为自由贸易区的主要形式，以第三代港口为基础。自由港内的企业可以从事跨国采购、中转贸易、加工制造、研究开发、船舶靠泊、货物装卸、货物存储、全球配送等方面的业务。自由港集成了保税区和港口的功能，是我国未来保税区和港口一体化的基本形式。

我国正在实施的港区联动的试点，包括外高桥和洋山港的试点，实质上不是完全意义上的自由港形式。2010年，上海完成集装箱吞吐量2905万标准箱，位居世界第一。