合作社与村两委的关系，在不同类型的合作社中有不同的表现。在村干部领办的合作社中，由于村干部在合作社中的多样化角色认定，合作社与村两委的关系呈现多样化的特点；在非村干部领办的合作社中，依合作社所发挥的功能以及村两委的执政能力，合作社与村两委的关系可以表现出不同的类型，各种关系类型演绎出不同的行为逻辑。