苗族传统村落原有的生产生活方式与现代意识要求发生激烈碰撞，导致原有社会结构濒临解构，自治组织接近崩溃，地方性伦理道德面临异化与失序，农村基层社会治理方式与农业现代化的矛盾凸显。由于新的制度建设中未能吸收原有制度传统中的合理因素，制度理想和制度实践之间出现矛盾，特别体现在制度建设与传统村落习俗与宗教等方面，传统村落保护遭遇空前危机。