农民工市民化的根本障碍在于以社会保障为主要内容的公平权利缺失：首先，计划经济体制下形成的城乡分割的二元社会保障体系及长期实践造成了农民工在人力资本、社会资本、价值观念方面与城市社会存在很大差距，这种差距意味着农民工市民化能力不足。其次，农民工在城市就业和生活过程中遭受到的社会排斥及对应社会保障权利的缺失，影响了包括意愿在内的市民化能力的积累。最后，市民化能力不足、长期保障缺失进一步影响了农民工市民化的预期和行为选择。平等社会保障权利缺失及相应影响的累积，构成了农民工市民化的主要障碍，要化解农民工市民化困境，需要重构与完善社会保障体系。