杜仲既是名贵的中药材，也是最主要的硬橡胶胶源树种，因此具有重要的经济价值，但是目前对杜仲的基因组知之甚少。本报告植物材料选自湖北神农架野生杜仲单株，通过二代和三代测序及组装相结合的方法，得到了绞木目首个高质量的基因组。组装结果显示，杜仲的基因组大小为1.18Gb，Scaffold N50达到1.88Mb。通过对从头预测、同源预测及转录组预测三种注释方法结果的整合，得到26723条蛋白编码基因。通过对杜仲基因组中胶合成相关基因的分析发现，与产顺式胶的巴西橡胶树不同的是，杜仲合成长链反式聚异戊二烯的酶为法尼基焦磷酸合酶1，3和5（EuFPS1，3，5）。尽管杜仲中橡胶延伸因子/小颗粒橡胶蛋白（REF/SRPP）基因家族显著扩张，只有EuSRPP1基因与杜仲胶的生物合成相关，且进化分析表明，杜仲胶与巴西橡胶的产胶特征可能是独立起源，因此植物界的产胶特征可能是多起源的。结合基因扩张及转录组分析发现，杜仲的抗性强及生物活性物质含量高这些优良性状可能与其相关途径的基因扩张和高表达相关。本报告为揭示杜仲胶的生物合成和抗逆机理提供了宝贵的理论基础，并将促进杜仲的遗传改良和生物学研究。