清朝统一新疆后，陕甘等地的回族（清代称“汉回”）因随军屯田、移民屯垦、“遣犯”及经商等原因移居新疆，主要居于北疆的伊犁、乌鲁木齐及南疆交通要冲各城。此后，甘青回族则又主要因经商、佣工移居新疆各地。在清同治年间后，因新疆战乱，北疆回族人口减少。但在清末仍有甘青一带回族因各种原因入居新疆。清末编辑的《新疆乡土志》，较为详细地记述了当时新疆各地回族的人口及其经济生活。有清一代先后移居到新疆的回族对新疆的农业、商业的经济开发和建设做出了贡献。