新伊大都督府成立后，新疆形成伊犁与迪化对峙的政治格局。最终，杨增新在谈判中通过娴熟的政治手腕，与伊犁方面达成协议。这是新、伊双方忧国爱民，维护国家利益的产物。双方坚持国家的统一，避免了进一步的内讧。在外患窥伺而自身实力不强的形势下，新、伊事权的统一，避免了给予外国势力干涉内政的借口，也增强了自身的对抗能力，为其后杨增新在科布多、阿尔泰、俄哈难民等问题上的处理提供了条件。由于历史条件的制约，伊犁革命党势力逐步被杨增新消解。杨增新的政治行为，是一个政治人物在特定历史条件下的自然反映，客观上有利于维护新疆的领土完整。