民国时期，国民政府推行的保甲制度对甘南藏族地区亦产生了深刻影响。当时在卓尼这样的政教合一制度沿袭已久、土司制度根深蒂固的地带，实施保甲制度是举步维艰的。卓尼禅定寺的寺主杨丹珠曾于1944年7月呈文甘肃省政府，请求取消寺院僧人编制保甲，豁免僧人服役纳税。甘肃省政府以国民政府所颁布的实施保甲制的文件中有“任何人或任何机关均不能例外”的规定为由，回绝了禅定寺免于保甲的请求，但承诺寺僧的纳税支差可酌情减免。保甲制度从本质上讲具有浓厚的封建主义性质，其反动性是显而易见的，但甘肃省政府的回复传达的是国民政府排除困难、坚决实施保甲制度的决心，实际上也宣示了中央政府在藏区实行改革的勇气。