合理配置城乡生态资源是城乡一体化的本质要求。城乡生态资源配置低效表现在农村劳动力资源的单向输出、农村自身环境问题突出、城乡对农村自然资源的侵蚀、城市污染企业的农村转移、农村公共基础设施短缺。市场调节和政府调控的失灵是其深层症结，应坚持以人为本的生态化制度取向原则，深化生态资源价值观的市场认识，建立生态资源配置信息网络平台，健全城乡生态补偿机制及发挥政府其他方面主导功能，促进城乡生态资源的合理配置。