“一国两制”既有理论层面的问题，也有实践层面的问题。所以，应该从两个基本层面去分析。它的逻辑体系是：第一，从理论层面说，要原汁原味地掌握“一国两制”理论的精髓，不能随意地解读、曲解“一国两制”，解决什么是“一国两制”的本源性问题。这个本源性问题不弄清楚，实践“一国两制”无从谈起。第二，从实践层面说，要提高“一国两制”实践能力，正确处理“一国”与“两制”的关系。如果仅仅停留在理论层面，光说不行动，“一国两制”再好，也不能实现。第三，当理论与实践能够结合、统一，“一国两制”就能结出硕果，中华民族的心愿，中华民族的利益，民族兴旺、国运昌盛、人民幸福就能实现。

因此，“一国两制”的理论、实践、理论与实践的统一是逻辑体系中三个相互关联的基本问题。