随着创新驱动发展战略的实施，国家及地方政府不断加大创新资源的投入力度，城市创新效率的评价成为备受关注的热点问题。然而现有研究往往将关注点聚焦在中心城市、一线城市等具有特殊地位或要素吸引力的区域，忽略了大多数中小城市，难以全面反映我国区域创新效率的普遍情况。因此，本文采用三阶段数据包络分析法（DEA）对我国221个中小城市的创新效率进行评价，研究发现在剔除环境效应和随机干扰之后，中小城市的创新效率发生了明显的变化，说明政府支持、开放程度、劳动者素质、地区发展水平及环境规制强度等环境因素对我国中小城市的创新效率存在显著影响。