2018年阿拉善盟水资源总量为4.38亿立方米，山区及山前冲积平原、沿河两岸地下水水质较好，高平原、低山区、沙漠区次之，地下水汇集区、湖泊、盆地地区最差。阿拉善盟水资源开发利用存在五大问题：水资源短缺束缚经济社会发展、地下水超采严重、水生态持续恶化、水生态环境压力大、节水意识和技术落后。调整产业结构、改革用水制度、合理配置水资源、建立完善的社会管理体系是保护和开发当地水资源的重要举措。打造防风固沙生态屏障、构建生态产业带、实施环境综合治理工程、建立健全生态安全屏障建设的长效机制可以有效加强生态建设。