1960年索马里获得独立后，历届政府均重视发展教育事业，提出了“索马里人告别愚昧、贫困、疾病”的口号。开始兴建新的学校，到1965年，索马里全国共有233所小学，在校学生18700人；35所中学，在校学生4400余人；2所师范学校，1所高等学校即摩加迪沙大学。摩大的前身是1954年创建的法律、经济和社会学院。另外还有成年业余学校200多所，学习课目主要是文化、外国语和职业技能等。

独立初期，由于索马里没有自己的文字，教育制度仍因袭过去殖民统治时代的传统。索马里学生在校学习期间，除必修阿拉伯文外，南区学生还需学意大利文，北区学生则需学英文。小学初年级用阿拉伯语教学，从二年级起开始学习英语或意大利语。在不完全中学和完全中学，教学用的语言或是英语，或是意大利语。这些学生在中学毕业后要进高等学校深造，多数只能去意大利、英国或阿拉伯国家。

1969年西亚德上台以后，政府对过去殖民统治时期遗留下来的教育制度进行改革，制定了扩大教育系统的计划。目标是使索马里儿童都能上学，扩大为国家建设服务的技术教育和高等教育，并宣布要在索马里扫除文盲。

1971年4月，政府决定取消学生学费，要求当时全国23所寄宿学校“优先招收游牧民和边远地区居民的子女”入学，并决定对部分经济困难的家庭的子女给予公费食宿待遇。1971年9月，政府又宣布从小学到大学的教育都要在尽可能短的时间内实现索马里化。1971年颁布的《国民服务法》规定，所有高中毕业生必须参加半年或一年的军训和革命指导课，然后再当半年或一年的教师，才能安排工作。1972年10月，政府将所有外国人办的学校和私人学校收归国有，并要求各学校不断增加索马里本国教师人数，以逐步取代外籍教师。

1972年，政府公布了索马里文字，并规定将它作为官方文字。1973年1月，政府开始在全国推广索马里文字。索马里文字的推广有力地促进了索马里民族教育的发展。各学校开始教授自己本国的语言文字，并编写了适合本国情况的中、小学索马里文教科书。1973年，索马里小学开始使用索马里文字的教材。1975年，中学和高等教育也开始使用索马里文教材。

据估计，1972年，索马里人的识字率仅为约5%。在使用新的索马里文后，政府发起了“文化革命”，以使全体人口在两年里脱盲。1973年，政府在全国开展扫盲运动。为了开展扫盲，政府调集了8000名政府官员和军官。不久，扫盲成员又扩大到2万人。新增加的成员主要是中学的学生。到1974年3月时，已有约40万人参加了识字学习。

西亚德政府还通过“自助计划”，采取国家投资和群众捐献相结合的办法，兴建了大批校舍，使索马里的教育事业有了较大的发展。1971～1972学年，全国共新建学校348所，其中小学215所，初中101所，高中23所，中等技术学校6所，高等学校3所。

到20世纪70年代中期，索马里政府加大对教育的投入，将政府经常性预算约11%投向教育，并继续开展全国性的扫盲运动，使索马里的识字率从独立前的2%提高到60%。全国学生人数从1969～1970学年的42156人，上升到1973～1974学年的23万多人。

全国的教育体制也逐步趋于统一，实行学前、小学、中学和大学四级教育体制。其中小学实行四年制教育，主要开设索马里语、阿拉伯语的读、写及算术等课程，并教授一些与农业和畜牧业有关的知识课程。到1990年，索马里的小学发展到1200多所。中学分为初中和高中。初中也实行四年制教育，分为普通中学与技术中学。普通中学主要开设索马里语、阿拉伯语、英语、数学、历史、地理、化学、物理、生物、宗教、体育等课程。技术中学的课程一般是根据国民经济发展的需要而定，但普通基础课仍占相当比重。高中亦为四年，分为普通高中和技术高中。普通高中的课程与初中基本相同，学生毕业后可以升大学，也可以直接参加工作。但技术高中主要是培养国家急需的技术员、技术工人、建筑人员及政府职员，毕业后直接走向社会。全国普通初中与高中已增加到180多所，技术职业学校30多所。

1970年，政府将摩加迪沙大学改名为索马里国立大学（Somali National University），最初设有9个学院：农业、经济、教育、工程、地理、法律、医学、科学和兽医学。后来又增加了语言、新闻和伊斯兰三个学院。学制一般为4～6年。其中教育学院主要是为了培养中学教师。到70年代末，索马里国立大学每年招收约700名学生。除国立大学外，政府还建立了一些培养专业人才的技术学院，主要有护士学院、电讯学院、兽医科学院和工艺学院等。为了加强对成人教育的指导，政府还建立了全国成人教育中心（National Adult Education Center），对农村地区的成人文盲进行扫盲教育。

到80年代后期，为对付日益扩大的反政府武装力量，政府军费开支增加，对教育的投入逐渐降低。到1990时，教育经费仅占政府经常性预算的1.5%，而且主要依靠外援。结果导致大批教师流失，学校关闭，升学率下降。据联合国有关机构估计，到90年代初，索马里的识字率仅为24%。

1991年1月西亚德政府垮台，国家处于四分五裂状态后，索马里的学校几乎全部关闭。大量受过教育的合格教师外流，文盲率剧增。到2004年，全国成人识字率仅为19%。

近些年来，在联合国教科文组织及其他一些非政府组织，特别是伊斯兰教组织和清真寺的帮助下，索马里的许多地区开始重建小学。小学在校学生人数已从1990年的15万人上升到2000年的约20万人。2002年，索马里各类小学共1105所，在校生约26万人，占应入学儿童人数20%左右，是世界儿童入学率最低的国家之一。

在中等教育方面，自1997年第一所中学恢复后，索马里先后已有20所中学开学。中学在校生为5350名，但其中只有10%为女学生。除中学外，也有一批职业教育机构先后得到恢复和新建。据联合国教科文组织2000年统计，仅西北部的索马里兰就有83家此类职业教育机构，其中半数为语言学校，大多教授阿拉伯语和英语。这些机构得到一些伊斯兰组织和外国机构的资助，也有一些学校教授计算机技术。到2000年，各援助国向索马里教育事业提供的援助约为1090万美元。

在高等教育方面，自1991年教育系统瘫痪以后第一家开学的高等学府是1998年11月建成的阿茂德大学（Amoud University）。随后，又有四所高等教育机构相继成立。阿茂德大学设在索马里兰，是于1998年9月发起创办，并开始招收本科生的。创办该大学的主意是侨居在海湾国家的索马里人提出的。他们与索马里社区、行政机构、商业界和侨居在外国的索马里侨民有紧密的联系，并通过这些单位和机构募集资金和实物。大学目前设有教育、工商管理、医疗和农业学院。大学为社区所有，招收符合条件的本国和邻国的学生，并由从海外回国的合格的索马里人担任教师。目的是为居住在索马里本土的学生提供接受高等教育的机会，为恢复和发展索马里的教育、工商、医疗卫生和农业等贡献力量。

2003年6月15日，索马里又在摩加迪沙正式建立了内战爆发以来的第一所医学院“贝纳迪尔大学医学院”（Benadir University Medical College-BUMC）。当时的索马里过渡全国政府总统阿布迪卡西姆出席了成立仪式。该学院2003年已有22名在校生，其中一半是女性。学校是由索马里医生捐助建立的，学制5年，学生每年的学费为1500美元。学院已与沙特阿拉伯、英国、美国、意大利和瑞典的一些大学建立联系，并获得它们的帮助。这些学校同意向学院的学生提供远程培训和教学设备。学校教师由来自索马里和海外索马里人医生组成，教学语言为英语。